美國食品安全專家稱，政府停擺已威脅到美國人吃的食物。由於肉類和禽類之外的所有國產食品的檢查都已暫停，美國疾病控制與預防中心(Centers for Disease ContrOL and Prevention，簡稱 CDC)召回了停薪休假的僱員，以應對一場沙門氏菌疫情，該疫情已致18個州的數百人患病。
美國食品與藥品管理局(Food and Drug Administration，簡稱FDA)負責檢查美國人吃的大部分食品，其目標已由每周檢查約200種作物減為零，並且減少了對進口食品的檢查。農業部有一條肉禽類熱線，可供消費者徵詢食品安全信息或者舉報問題，這條熱線如今已經關閉。在CDC，約68%的工作人員遭到暫時停職，其中包括幾名流行病學家，以及數十名監管食物傳播疾病追蹤資料庫的僱員。
這些工作人員負責識別大腸桿菌和沙門氏菌等潛在危險菌株等引起的徵候群，他們的停職嚴重降低了CDC應對疫情的能力。
連結：美媒盤點美政府關門五大影響 稱波及食品生產
與食品相關的部分：
嬰兒和兒童將無法得到足夠的食品。據估計，到11月1日，針對婦女、嬰兒及兒童的聯邦營養計劃(WIC)基金將耗盡，一直以來WIC為那些來自低收入家庭的孕婦及母親提供資金購買營養食品，例如水果、蔬菜及加強型嬰兒配方食品。超過850萬母親及兒童參與到此項計劃，但下個月內達華州的斯泰特恩及北卡羅萊納州約26.4萬人無法得到資助。
政府關門同樣會影響食品進口及國內食品生產。人們無法推遲食物生長的最佳時期，而商品交易放慢則會同最佳生長期發生衝突。彭博社此前曾發表題為“關門是如何通過有趣的方式影響貿易”的文章，文中寫道，進口農藥通常需經過環境保護署(Environmental Protection Agency)的監察以確保其安全性，而目前環境保護是90%的員工處於休假中。農藥中所需化學物質的緊缺勢必會影響到種植。