傳統焦糖色素的製造，是以砂糖溶液攪拌加熱變黑，這方式製造出的焦糖色素沒有食安問題，但成本高、速度慢而且顏色不好看，食品工業接受度不高。如果將砂糖溶液改成果糖，這時成本就會降低。此時再將果糖液放在酸（白醋）或鹼（蘇打）裡，糖的焦糖化反應會變得更為快速且更黑。
使用酸做出的焦糖色素味道不好，多數都是添加效果更好的鹼，通常添加強鹼氫氧化鈉（NaOH）時都要添加緩衝液阿摩尼亞（NH3），效果持久毒性降低，又能加速梅納反應的作用。但過度的梅納反應就容易產生糖化最終產物（Advanced Glycation End Products, AGE）引發癌症的問題。如果再加上亞硫酸氫鈉（NaHSO3），更能加速焦糖色素黑變的進行。
就因為今天的焦糖色素與過去的焦糖色素有很大的不一樣，過去焦糖色素在我國是不列管的，但自前年開始已改列為食品添加物第九類－著色劑管理，且又依焦糖色素的製造方式分成四類管理：
第一類：普通焦糖：可於各類食品中視實際需要適量使用。
第二類：亞硫酸鹽焦糖：可於各類食品中視實際需要適量使用。
第三類：銨鹽焦糖：本品可使用於豆皮、豆乾等黃豆製品（不包括醬類及飲料）、釀造醬油、口香糖、特殊營養食品、膳食補充品、味噌，用量為20.0 g/kg以下；濃色醬油，用量為60.0 g/kg以下。
第四類：亞硫酸銨法焦糖：用於醬油，用量為60.0 g/kg以下。
從上述的分類可以知道，第三類及第四類焦糖色素有較大的食安問題，因此被限制使用方向及用量。為何如此，是因為這兩類焦糖色素會產生有致癌物4-甲基咪唑（4-Methylimidazole，4-MEI）。這種焦糖色素有一個特點，通常它水溶液的黑色比較不透明。