洗選蛋的用意，在於清洗蛋殼表層的污染物，並剃除掉破掉、有瑕疵的蛋，洗選的流程是很專業的技術，包括清淨消毒、風乾、檢查、冷藏運輸，若過程中不夠謹慎，反而會因為蛋殼的角質層被清洗掉，造成病菌、污水進入蛋中。
洗選蛋的優點剛好也是缺點，洗選蛋跟非洗選蛋沒法選出哪個比較好，雖然沒有洗選的雞蛋蛋殼比較髒，但是蛋殼的保護膜還在，病菌不會跑進去蛋裡頭，洗選蛋雖然清洗乾淨，但是因為蛋殼受損，如果清洗方法錯誤，反而比不洗還糟糕。此外，洗選蛋的運送、儲存過程都要在攝氏七度以下才比較安全，不過即使冷藏儲存也不建議放置超過兩週。
美國的洗選蛋要求噴蠟，取代因為清洗而喪失的蛋殼保護膜，而且需要冷藏放置，「如果沒有做好配套措施，洗選蛋會越洗越髒」。農委會為了雞蛋的安全，推動洗選蛋多年，但並不代表洗選蛋是消費者購買雞蛋時的唯一選項，例如歐洲國家就禁止洗選蛋，同樣也是為了雞蛋的安全。
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