本次禽流感重創雲林縣的養鵝產業，近100萬隻鵝被撲殺，中央政府對於復養計畫仍無定論，但雲林縣府火速開會決議，5月底前縣府補貼雛鵝購置每隻10元，同時對等補助消毒設備一半，目前失業中的鵝農與雇工，由勞工處協助找短期工作度難關
這次種鵝、雛鵝也都撲殺殆盡，農曆年後鵝農即使要復養，恐怕也面臨雛鵝價格飆漲，雲林縣長李進勇11日指示農業處、勞工處、財政處研擬復養計畫方案，從補貼雛鵝購置、消毒設備補助、短期輔導就業，啟動400萬元預算協助鵝農度過難關
5月底前鵝農買國產雛鵝，雲縣府每隻補貼10元，每場最高補助2500隻，總補助經費為200萬元
農業處長張世忠表示，水禽場通常沒有消毒設施，又特別容易受到候鳥帶來的病毒感染，為了釜底抽薪，也將對等補助一半經費讓鵝農添購消毒設備，一場最高以5000元為限，總補助金額200萬元
農業處畜產科指出，復養程序是養鵝場消毒淨空21天，向防檢局申請飼養哨兵鵝（或哨兵雞），通過21天無疫情觀察期就可全面復養，若哨兵鵝出現死亡則從頭開始
來源: 鵝場復養 雛鵝每隻補助10元
農委會規劃輔導農民未來水禽採室內養殖
農委會方面正在規劃未來復養時，輔導農民將鴨鵝等水禽類盡量改採室內養殖，減少病毒傳播的機會
農委會主委陳保基表示，國內鴨鵝的養殖向來都是開放式飼養，養殖場有水池，鴨鵝糞便都留在環境中，一旦候鳥季節來臨，容易吸引候鳥進入場內帶來傳染病，因此希望像歐洲一樣推動室內飼養，降低病毒感染的風險。陳保基說：「在復養時慢慢來輔導，朝這個方向去轉變，否則每年候鳥來都有風險」
改為室內飼養，農民需要龐大的經費興建室內養殖場，如果沒有政府補助，實施的困難度相當高。陳保基表示，初步還要跟養鴨、養鵝協會討論如何輔導實施