去年歐洲及韓國陸續傳出雞蛋受芬普尼污染，加上國內曾爆發有業者販賣自越南、香港進口轉賣的劣質豬油，屢屢衝擊食安，食藥署發布修正「輸入食品系統性查核實施辦法」，擴大實施系統性查核的產品品項，正式納入蛋品及動物性油脂，自108年1月1日起，只要沒經過食藥署前往出口國海外查廠通過的新申請蛋品及動物性油脂品項，通通不准進口台灣賣。
食藥署統計，目前國內進口蛋品主要來自美國、加拿大、日本、法國、澳洲及泰國等；進口動物性油脂則以牛油、豬油為主，來自美國、紐西蘭、巴拿馬、韓國、香港、中國大陸、日本等地。
董靜馨表示，基於信賴保護原則，於新措施實施前，已有蛋品及動物性油脂輸入紀錄的輸出國家，在原已輸入的品項，可以免申請系統性查核，一樣可以進口，但食藥署事後亦會一一前往補做「查廠」動作；至於新申請輸入的品項，則一律得經系統性查核後才准輸入。
食藥署「輸入食品系統性查核實施辦法」目前實施系統性查核的產品，包括：肉類、水產品、乳製品、蛋品、動物性油脂及其他牛來源食品。過去最受關注的就是針對美國狂牛症疫情影響下的美牛查廠。
連結：輸入蛋品及動物性油脂自108年1月1日起實施系統性查核（TFDA公告）
連結：修正「輸入食品系統性查核實施辦法」第八條及第三條附表（TFDA公告）
衛生福利部於107年9月17日發布修正「輸入食品系統性查核實施辦法」，擴大實施系統性查核之產品品項，納入蛋品及動物性油脂，並於108年1月1日起實施。
食藥署說明輸臺蛋品及動物性油脂之出口國必須通過系統性查核後，產品方得申請輸入查驗，並經查驗合格後始得輸入。惟基於信賴保護原則，於新措施實施前已有蛋品及動物性油脂輸入紀錄之輸出國家，在原已輸入範圍內，得免申請系統性查核。
食藥署進一步說明，「輸入食品系統性查核實施辦法」係於103年2月11日發布實施，目前實施系統性查核之產品，包括肉類、水產品、乳製品、蛋品、動物性油脂及其他牛來源食品。系統性查核須由輸出國政府機關向食藥署提出書面申請，並進行書面審查與實地查核，評估確認輸出國食品衛生安全管理體系與政府機關監督措施與我國是否具等效性。
系統性查核管理措施為國際間普遍多數國家對動物源性產品之輸入管理方式，透過此一管理措施，可以落實輸入食品之境外源頭管理，強化輸入產品之食品安全。