為鼓勵外國貨主在台灣自由貿易港區設立區域發貨中心，利用港區地理區位、倉儲物流、海空運輸服務等優勢，優化供應鏈配送效率，滿足特殊貨物需求，交通部協同航港局於105年4月制定「進儲自由貿易港區出口無加工證明書申請作業流程」，針對有機食品等特定貨物，透過港區轉口發貨至其他國家，交通部表示，如需證明其原貨物生產地來源時，自由港區事業可依此機制向海港自由港區管理機關申請，開立該等貨物在台灣自由貿易港區無加工之證明。
交通部表示，目前海關開立「轉口貨物無加工證明書」僅適用運輸及倉儲業。本作業流程初估實施後，將帶動台港埠每年950櫃貨量成長、增加自由港區13億元貿易值及創造關聯產業（倉儲、冷鏈物流）商機，有助外國貨主提升在亞洲市場之業務成長。
交通部表示，自由港區事業申請該轉口無加工證明之條件，除須海關認可之AEO企業資格外，貨物進儲須以專區存放，且備具完善監控系統，經審查通過者由航港局核發同意函，後續憑報單影本及前開同意函向航港局申請開立。
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