台灣水資源保育聯盟昨天公布去年全台最糟飲用水源城市，聯盟召集人陳椒華表示，經整理環保署河川水庫飲用水水源資料，得出全台最糟飲用水源城市是「高雄市」，且提供高雄市主要飲用水源的高屏溪攔河堰、阿公店水庫及澄清湖水庫的水質「 極糟」。
陳椒華說，環保署河川水庫飲用水水源資料顯示，去年有六個月份高屏溪攔河堰的大腸桿菌值，每一百毫升都超過兩萬菌落，超過飲用水源水質標準，高屏溪則有七個月河川污染指數達三點三，平均也是全台最糟，另阿公店及澄清湖水庫，卡爾森指數平均達五十四及五十七，葉綠素指標超過平均值，優養化亦嚴重。
針對台灣水資源保育聯盟公布高雄市飲用水源水質全台最糟，高雄市環保局表示「恐怕有誤會」，河水的大腸桿菌易受局部汙染源影響呈瞬時變化，才會超標，環團引用的水質取樣並非來自進入淨水場的原水，且去年針對22座淨水廠抽驗，大腸桿菌數值均100%合格。環保局說，供應高雄民生用水的澄清湖淨水場，是取用高屏堰的原水再經處理，與環團取樣的高屏溪里嶺大橋的水質來源不同。
環保局去年度針對22座淨水場水質抽驗56件次，檢驗大腸桿菌群、總菌落數、濁度、色度、氨氮等十多項，含括細菌性、物理性及化學性等面向，大腸桿菌平均檢測結果合格率100%，取用高屏堰原水的大腸桿菌平均檢測結果為每百毫升78.5菌落，遠低於標準值。
環保局長蔡孟裕表示，高屏溪在88風災後，上游土石沖刷，河川管理單位持續疏濬，因此河川的大腸桿菌易受局部汙染源影響，產生瞬時變化，因此河川水質優劣的判斷基準應看生化需氧量（BOD）及氨氮，環保局取樣檢驗均符合飲用水水源標準。
至於阿公店水庫卡爾森指標偏高（優養化）多發生在每年第3季，正是水庫空庫排淤期間，蓄水量少。目前高雄市政府已爭取到前瞻基礎建設預算經費執行改善。