目前國內有機農產品認證機構共有14家，由財團法人全國認證基金會監督，但立法院經濟委員會審查《有機農業促進法》草案時，立委林岱樺痛批，被停權的驗證機構不但未從農委會官方網站移除，連驗出問題農產品的項目都未對外公布，此外，目前驗證的費用過高，恐有圖利業者的問題。
對認證機關的把關，農委會交給財團法人全國認證基金會，但2014年，「國際美育自然生態基金會」與「台灣茶協會」認證被停權了，原因是查驗不實，但如何查驗不實及哪些農產品查驗農藥過量，完全沒資訊，當時農委會稱全國認證基金會與認證機關有保密協定，不得將查驗結果公布。
根據農糧署有機農糧產品驗證收費項目及數額基準表，現場稽核費用一天6千塊，認證有效期限一次是三年，驗證費用個人是5到6萬元，團體9到10萬元，這個收費標準合理嗎？農委會補助九成有機農產品驗證費，又訂定高額驗證費用，有圖利民間驗證機構的疑慮，不如自己做驗證，可以節省經費，否則補助會成為農委會沉重財政負擔，排擠到其他預算。
農委會副主委陳吉仲表示，一開始驗證機構一定有他自己輔導及驗證的農民對象，所以必須對這些農民持續輔導，但不可以接受新的驗證案件，所以國際美育自然生態基金會才未從官網除名。
現在驗證費用的確偏高，但有認證相關規定就會有市場，有市場就有價格，有機農產品的驗證費用是否超過廠商或驗證團體的合理費用，農委會重新檢討價格，但到底是政府來做或業者來做，這就是公平跟效率之間的取捨。
農糧署統計，花蓮縣有機農業面積佔全國有機農業總面積五分之一，為全國第一名。農糧署東區分署表示，為鼓勵更多農民投入有機農業，今年起提高有機驗證費、檢驗費的補助金額至90%之外，也首開「友善環境耕作補貼」，每年每公頃環境耕作補貼最高九萬元！
農業處科長吳雅琴舉例，一筆檢驗費四千元，中央補助二千元，剩下的二千元即由縣府買單，等於農民不花一毛錢，減少成本負擔，統計截至去年底為止，共補助五百八十四件、計一千九百多萬元，盼協助花蓮農業永續發展。
農糧署東區分署表示，今年除提高有機驗證費、檢驗費至九十％，另提供有機質肥料、農業機械及生產設施補助等；此外，農糧署也開辦「有機及友善環境耕作補貼」，通過有機驗證（含轉型期）或友善環境審認者，可申請補貼，每年每公頃最高補貼九萬元。