這幾年因廣大的保健食品和生技產品需求，各國可說是求「材」若渴，有些不肖商人會先抽掉人參中的有效成分皂?，再將沒有成分的藥材拿到市場高價販賣。
藥商用假冒品或相似物種混充、添加增重粉也時有所聞。走在中國大陸的小型藥材市場，可見假的塑膠葉接在人參上，廉價的黃藥子也經常被當成具療效的何首烏在夜市販售，甚至有藥商為了賣好價錢，在冬蟲夏草內塞鉛條增重，害民眾吃下沒有療效又含雜質的中藥。
針對民眾最擔心的中藥材安全問題，中醫藥司從2004年已陸續公告91種中藥材的「異常物質限量標準」，規定項目包含重金屬、農藥殘留及黃麴毒素。中醫藥司和各縣市政府衛生局每年也會不定期到中藥房和中醫醫療機構抽驗。
公告實施後，市售中藥材合格率逐年增高。消費者文教基金會2011年對黃耆、甘草、茯苓、杜仲等冬令進補常用的中藥材進行重金屬與農藥殘留檢測，結果都符合標準。
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