即以台灣在處理美牛、美豬爭議，以及日本輻射食品進口的方式來說，就暴露出政治凌駕專業的危機與後遺症。維護國人食安乃天經地義，但處理過程如果沒有深刻認識並遵守國際規範，不僅無法真正保障國人健康，反而容易造成嚴重經貿摩擦，甚至影響到目前台灣迫切需要的國際參與機會。
以進口美牛的爭議為例，目前主要問題在「內臟」定義，美豬則卡在是否允許含萊克多巴胺（一種容易水解的瘦肉精）的豬肉進口；美國國務院已屢次把台灣的作法視作「技術性貿易障礙」，更在今年的台美TIFA（貿易與投資架構會議）上，藉此議題推辭台美雙邊投資協定的簽署。至於日本輻射食品進口的爭議，則在於不肖廠商偽貼標籤輸入福島五地食品，但行政部門卻對日本所有食品擴大管制，此舉也引起日本強烈不滿，甚至一度揚言要到WTO（世界貿易組織）提告。
以上三項爭議的細節一言難盡，但都指向有關食安管制措施的國際規範。在WTO的架構下，涉及到產品標準或標準化的協定，在製造業是TBT（技術性貿易障礙協定），在食品安全部分則是「食品安全檢驗與動植物防疫檢疫措施協定」（SPS）。根據SPS規定：「會員的食品安全措施應以國際標準為基礎，允許會員採取高於國際的標準，但必須通過科學正當性的檢驗或踐行風險評估程序」。
至於訂定食安國際標準的機構，處理狂牛症貿易爭議的是「世界動物衛生組織」（OIE），豬肉添加劑的規範則是「國際食品法典委員會」（Codex）。而這些國際組織的成立宗旨，就是在維護食安並規範貿易行為，所以如果把遵守國際規範與維護食安視為二擇一的兩難課題，甚至輕率指控處理貿易夥伴的關切或遵守國際規範，就是「犧牲國人健康來換貿易」，明顯昧於現實、不知輕重，反讓我們自己陷於更不利的處境。更何況，這些國際規範也都允許個別國家採取高於國際標準的作法，只要有科學證據與風險評估程序作為基礎，而這些都是反求諸己可以解決的難題。推而廣之，其實也包括做好生產履歷與食品分級等機制。