養殖生產環節所衍生之問題
1、重金屬污染：屬於環境汙染一環，最常見於牡蠣，國內銅污染嚴重有兩處，香山綠牡蠣事件於竹科排放廢污水，二仁溪綠牡蠣事件於台南市、高雄市交界二仁溪口燃燒廢五金。必須遏止重金屬累積及擴散現象，才能解決台灣西部沿海養殖污染問題。
2、養殖水源問題：鹹水及半鹹水魚塭的水源以海水引進及地下水為主。位於工業區出水口附近的漁塭可能遭受工業廢水的汙染，另外於收成或整理魚塭時直接將養殖池水排出，同時也將病原汙染附近其他在抽取海水的魚塭，造成疾病傳播。
3、養殖戶普遍高齡化：多數養殖戶年齡普遍偏高，一旦疾病發生，容易誤信偏方，造成藥物濫用或使用禁藥，顯示經營者偏向高齡化，輔導與教育正確飼養與用藥觀念成效不佳。
4、飼養密度過高：台灣因內陸養殖空間不足，採取高密度養殖，加上缺乏正確養殖觀念，只想快速獲利、縮短飼養期而使投餌量大，造成過度餵食，因過多排泄物及殘餌，使得水質惡化，容易造成疾病的爆發。
5、錯誤的用藥觀念及合法藥物過少：正確及安全的用藥規範與觀念仍未深植漁民，養殖過程中如遇到疾病的爆發，經常直接詢問非法登記的藥商並向其購買藥物使用，導致藥物濫用或使用禁藥，未減緩疫情反而產生了食安問題，水產養殖用藥規範中限制使用的禁藥，例如硝基呋喃、孔雀綠及氯黴素，因其抗菌及抑菌效果極佳，雖然已被列為禁藥，仍常被使用，有些漁民上市前發生疫病問題，昧著良心只考慮利益得失卻未遵守停藥期規定，造成藥物殘留。加上缺乏實務上所需且合法之藥物種類，依據水產動物用藥品使用規範，現行可用的藥物採正向表列，可用藥物約10多種，針對部分藥物，藥廠卻並未製作水產動物使用的劑型，導致有藥可用，卻無處可買的情形。其中針對寄生蟲的驅蟲藥只有一種，長期只使用單種藥物可能有抗藥性之疑慮，故目前仍有其他未經列為合格用藥（偽藥）在現場被使用，例如福馬林、醋酸銅及硫酸銅，對人體是否有毒性或致癌性？在病毒性疾病方面，現階段已有神經壞死病毒、虹彩病毒的商品化疫苗，而細菌性疾病則有弧菌疫苗商品，惟實際使用率不高，其原因與疫苗價錢、操作不易、疫苗成效有關。
6、產業鏈問題：包含飼料源頭非法藥物濫用、種苗品質不佳、或運輸及魚體上市過程使用非法有毒藥物，常見於活魚運輸過程中非法添加丁香油，用於麻醉魚隻，減少緊迫，可提高存活率，但對於人體具肝毒性。其它使用添加於運輸或上市魚體的禁藥或偽藥，如：孔雀綠及福馬林。