山泉水流經地表時，容易受到人類活動或動物排泄物的汙染，雖看似清澈甘甜，卻內含肉眼無法看到的微生物、氨氮及硝酸鹽氮等汙染物，如果山上種植蔬果所施用的農藥，或工廠排放的汙水，則汙染情形更加嚴重。有鑑於此，所有的飲用水都應經過妥善的淨水處理以達到飲用水衛生標準才可飲用，絕對不可單憑外觀和口感來判斷水質。尤其有些不肖業者抽取地下水充當「山泉水」或以不明水源宣稱「山泉水」，其衛生狀況更是堪憂。
在民眾送驗的山泉水樣品中，也發現有超過半數的水質檢驗結果不符合規定，主要原因是總菌落數及大腸桿菌群超過標準；雖然煮沸後可以殺死微生物，例如大腸桿菌等細菌，但水中若有重金屬依然會殘留在水中，因此建議民眾飲用前最後三思而後行！
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