對臺灣政府的新措施，日本內閣罕見在例行記者會中表達遺憾，還強烈要求臺灣必須以科學為根據，做出適當的進口管制
日本官房長官菅義偉：「我們會繼續強烈要求臺灣方面，做出以科學為根據的適當處置。」
菅義偉針對的，是總統馬英九的這句話。總統馬英九：「我們也希望我們管制的程度，能夠比照周邊的國家，不要過寬也不要過嚴。」
來源: 日進口食品管制升級 日政府罕見批臺灣
農委會表示，海關本來就可要求出示產地證明，其他各國也都這麼做，會再加強對日溝通；衛福部也說，事前已和日本溝通過，各國都有進口食品風險管制，我方立場不變，相關規定如期於5月中實施
會不會擔憂檢驗新制實施後，台農產品輸出至日本會受到阻力？蕭柊瓊表示，必須再進一步觀察，不過會再和日方溝通，她說此舉目的並非不讓日本農產品進來，而是要防範及解決產地標示不明的問題
衛福部食藥署表示，產地證明可由日本官方、官方授權，或我方專案認證單位提供，而特定區域的須附輻射檢測證明的產品，包含水產、茶、乳製品、嬰幼兒食品、糖果、餅乾、穀類調製品等7類。這些食品屬於過去6萬多筆邊境監測高風險產品，或是嬰幼兒常接觸食品，須嚴格把關