牛樟芝產業在台灣經營面臨政府法令限制嚴格，產品銷售須通過嚴格檢驗，費用過高、產業募集與週轉資金來源不足、業者間相互猜忌與互不信任的心態造成獨攬技術無法在市場上取得標準認同，忽略產業共同發展的方向、牛樟樹需長期培養，基材取得不易、原料來源及生產過程不透明，無法取得消費者的信任等困境。
台灣食藥署對於牛樟芝管理規範的公布後，許多廠商因無法符合檢驗標準，紛紛關門歇業，部分廠商因違規遭開罰的也不在少數。
大陸雖然開放牛樟芝輸入的審批，但列為中藥材門檻過高，非一般業者能夠符合其要求。因此，商業同業公會全國聯合會的成立，將扮演溝通平台的角色，促成產業間相互信任合作的基礎。並擔任對大陸開放牛樟芝相關產品進入大陸的政策溝通窗口，也監督業者在經營上合法合規與行業自律的責任。
中華民國牛樟菇菌商業同業公會全國聯合會吳一昌理事長表示，中華民國牛樟菇菌商業同業公會全國聯合會成立有以下的任務：
- 輔導牛樟芝廠商分類分級，將牛樟芝廠商單位區分為種植（林業）、培育（植菌）、加工（原料加工成商品）、行銷、技術研發、學術研究等，依分類制定相關輔導與管理規範。
- 擴大符合官方規範的牛樟芝學術研究、臨床實驗、各式功能功效定位、經典處方開發等。
- 積極培訓產業人才包括產業技術、語言、保健、行銷等。做好產業走向全世界的準備。
- 組織產業自律小組，配合監管單位監督產業發展，杜絕以偽劣產品、哄抬價格、低價傾銷、不實誇大療效廣告、欺瞞消費者行為，嚴禁產業以吸收資金、違反銀行法等違規經營模式經營產業。
小編評：期許台灣產業公協會能發會效益，建立明確的行業標準並推動政府認可標準。