回顧台灣水產品食安事件 犖犖其大者有：
1986年綠牡蠣事件。「廢五金」處理的廢棄物(銅離子)造成台灣南部海域養殖牡蠣的大規模污染。
2002年外銷中國白蝦藥物殘留、2003年台灣鯛銷歐盟氯黴素殘留、2004年台灣鰻魚輸日恩諾沙星殘留事件。
2005年孔雀綠石斑魚事件。已經經過政府部門嚴格檢驗認證合格的石斑魚被檢測出含有”還原性孔雀石綠”殘留。負責認證的台灣養殖魚產運銷合作社在檢驗養殖場一至兩池養殖池之後，就先發給認證標章；但養殖業者魚目混珠，將未經查驗的石斑魚貼上認證標章，再和合格的魚貨一同出貨。
2006年 孔雀石綠風暴。香港媒體報導，來自台灣的石斑魚檢出孔雀石綠。
2007年鱒魚養殖場使用禁藥。台北縣農業局抽檢養殖場飼養的鱒魚發現「Nitrofuran硝基呋喃」（Nitrofuran）、「氯黴素」等禁藥殘留。
2008年養殖場以病死雞、實驗用白老鼠餵食土虱。
2011年有漁民在明知淡水河水產有害(含砷)仍然捕撈，運往中央市場批售，由不知情的盤商購入，分售到全台各地的傳統市場。
2013年調查局高雄站查獲屏東石斑魚養殖業者，涉嫌將工業用化學藥劑製作動物用偽藥，賣給高屏地區不知情的石斑魚養殖業者，謊稱藥物具有消炎和殺菌效果，獲取暴利上千萬元。
2014年中國大閘蟹輸台源頭把關不嚴，中國認證大閘蟹經台灣食藥署驗出氯黴素、證實含動物用藥。
2005年台灣行政院農業委員會推行優良水產養殖場認證（Good Aquaculture Practice，簡稱GAP認證），藉以提昇養殖水產品品質，保障消費者食用安全，促進產業永續發展。2014年起台灣也修訂一套新的食品衛生管理法，要求水產食品業者本身應做好自主管理，不得使用來路不明或違法之原物料，建立賣場與物流管理（GSP/GDP）以及生產工廠之作業管理（GMP/HACCP），更強調原料栽種的生產管理（GAP），原物料來源建立追溯追蹤系統，確實掌握食品來源及流向，構成一個完備的食品安全管理系統。根據 HACCP 管制系統，從飼養到最終產品的全過程產生的記錄包括：飼料管理記錄、防疫用藥記錄、漁政或獸醫部門的健康證明、養殖監管證明、疫病檢測報告、運輸車輛消毒證明等，可幫助養魚業健全「標識追溯系統」和「產品回收制度」。但因為沒有徹底落實執行，所以被媒體譏為「四不一沒有」：成效不彰、方向不對、執法不嚴、罰則不重，黑心商人才沒在怕。至今食安問題仍舊存在。舉今年4月剛發生的含孔雀綠禁藥毒鰻魚事件為例，台灣養殖鰻魚九成出口日本，依照我國現行的「外銷養殖鰻魚生產管理證明核發要點」，活鰻及加工鰻在外銷前，需經過出池前養殖戶自主檢驗，出口或販運商第2次檢驗，加工業者第3次檢驗合格後，才能外銷，把關相對較其他水產品嚴謹。但此次出事的加工廠，在未取得檢驗報告就先加工，在得知驗出禁藥，亦未依照規定通報，只退貨，而該廠負責人竟然是由政府官員擔任常務董事與理事的台灣區鰻魚發展基金會的董事長！孔雀綠產自雲林縣海氏生化科技公司；負責人竟是雲林縣消防局祕書蕭晏松！在在顯示政府把關不嚴謹、立刻查扣銷毀、與僅移動管制無須銷毀、兩套標準並行，現行法令顯有漏洞。