魚菜共生強調「自給自足、循環利用」理念，相當符合現代回歸自然風潮，不過高市農業局表示，由於魚菜共生農法目前無法申請有機認證、產銷履歷，且生產設備成本高，量產競爭力不足，全高雄市僅有一位農戶採用這項農法。
高雄養豬戶羅條原說，美國「魚菜共生」農場可申請有機認證，但在台灣卻行不通，認證委員質疑土壤、豬飼料無法提出有機證明，他無奈說：「菜是水耕，離土栽培，哪有土壤？豬飼料是餐廳廚餘，如何出示有機證明？」
魚菜共生在台灣無法申請有機認證、產銷履歷，沒有認證光環，難以與市面標榜無毒同類商品競爭，不過，近年來開始有社區、學校、住家投入建置魚菜共生系統，當作農業教育、體驗用途，對推廣無毒農法相當有幫助。
小編OS：菜是水耕，離土栽培？怪怪，魚菜共生不是建立在養魚的水幫菜施肥，長在土裡的菜吸收養份過濾水，過濾後的乾淨水再流回魚缸養魚嗎？
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