近期防檢局發現還是有少數業者將畜、禽類混養，她強調，業者絕不可以將雞、鴨、鵝、豬等混養，否則不但會嚴重影響防疫工作，還可能造成病毒變異重組、交叉感染。但她也坦承，國內對於混養並沒有法律規範，所以只能要求業者自律
針對外界質疑新型H5N2、H5N3與H5N8禽流感病毒胺基酸序列不足以證明是新新入侵病毒株，農委會家畜衛生試驗所說明，應用國際基因庫進行親緣性演化樹分析結果，顯示此波新型H5病毒株雖然都隸屬於歐亞洲病毒基因群，但是與台灣分離自候鳥及鴨隻屬於歐亞洲病毒基因群之H5病毒株相去甚遠，而與分離自臺灣雞隻屬於美洲病毒基因群的舊型H5N2病毒株更是涇渭分明，證明此次疫情的病原，確實是新入侵之禽流感病毒株
撲殺病禽太草率 農委會挨轟
雲林縣撲殺鵝隻畫面，無論成鵝、幼鵝、病鵝、健康鵝均被硬塞入麻布袋，慘遭悶死、摔死或機械手臂夾死、壓死，並未依照防檢局手冊規定以二氧化碳撲殺。養鵝場隨處是布袋堆疊成山、血水橫流的場景，甚至有挨餓的健康鵝當場啄食病死鵝，死亡鵝隻運送至焚化廠過程亦非密閉狀態
研究會執行長朱增宏痛批，此舉不但違反人道，更提高疾病散布機會，農委會未訂標準流程、未進行監管，嚴重失職
朱增宏指出，多數縣市雖表示會參考防檢局所訂「防範家禽流行性感冒（H5、H7亞型）緊急應變措施手冊」，但其中的「撲殺方法」只提及採二氧化碳窒息法，未提濃度與操作方式
農委會畜牧處處長李春進坦承，剛開始災情密集，為減少病源，決定先把屍體移開，「一定會進行檢討」
雲林縣政府農業處長張世忠回應，部分臨時防疫人員未受專業訓練，加上身心壓力已達臨界，動作較為粗魯，但絕對沒有所謂虐殺。另因化製車不敷使用，徵調垃圾車應急，部分車輛確實無法完全密封，但均由消毒車跟隨垃圾車沿途消毒
天天撲殺鵝、雞 防疫人員失眠
禽流感疫情未歇，歷經廿多天撲殺，部分防疫人員出現情緒低落、失眠情況，縣衛生局安排心理諮商輔導；而為免疫情侵襲校園，北港鎮建國國中流浪動物之家即日起暫停收容禽鳥
獸醫出身的林姓防疫人員說，在學校就有解剖禽畜課程，但這波疫情前所未見，每天看著成千上萬隻鵝、雞活生生被撲殺，心理負擔相當重，雖都會默唸「阿彌陀佛」，還是會有罪惡感，儘管每天回家都非常累，卻常常失眠，身心都快無法承受
衛生局副局長廖敦正表示，該局與台大醫院合作安排心理出現情況的防疫人員，予以團體諮商，若有情況較為嚴重人員再予以個別輔導