至於外界批評農委會將傳染主因都推給候鳥，防檢局表示，經分析病毒序列，結果確實是來自候(野)鳥可能性最高
另外，這次疫情為新型病毒所引起，台大公共衛生學院流行病學與預防醫學研究所教授金傳春昨天指出，病毒應該不是候鳥帶進來的。對此，防檢局說明，經農委會家畜衛生試驗所分析其序列，H基因部分係與韓國去年發生之H5N8序列有98-99%高相似度，N基因部分與其他國家野鳥的N序列有高相似度，此結果經國內禽病專家及美、日專家研析，明顯與過去台灣發生之N2亞型序列及金傳春所提之H9N2序列不同，來自候(野)鳥可能性最高
同時，金傳春也指出，她研究出台灣禽場有部分雞血可驗出H9N2抗體陽性，抗體力價高達1280，比正常的40高出許多，疑似有業者非法使用H9N2疫苗；但防檢局回應，目前與檢調及檢驗機關合作調查中，以釐清業者有否非法使用，不過，畜衛所依金傳春研究相同病毒株及實驗方法於主動採樣檢體檢測結果，並未有異常抗體情形