《食管法》修正版本要求建立基改食品查驗登記、標示含基因改造食品原料、建立追溯及追蹤系統等方式，但卻因法條規定過於瑣碎，有礙經貿邊境執行上的難度，只將低度加工品列為控管項目，並以現已有玉米及黃豆基改標示相關規定為由，而將基改食品修正案從《食管法》修正版本中剃除
消基會認為，歐盟已詳列基改食品規範後，才再次開放美國基改食品進口，但台灣卻不但只有行政命令，甚至管理類別也只包括玉米及黃豆2樣作物
而國際上更有著基改水稻、番茄、甜椒、馬鈴薯等，甚至美國也將再有基改鮭魚及基改蘋果，卻沒有法律可以禁止直接進口及規範管理
消基會認為，無論是從經濟貿易或是以現有法規來看，基改食品修正案仍是必要改變，只要是使用基改原料的食品就該標示，讓民眾能有充分資訊，自行選擇是否購買基改食品，政府應以預警原則確實從源頭管制