邊境查驗是把關進口食品的第一道防線，為提高邊境查驗效率，衛福部食藥署針對裝載多項不同的產品的貨櫃，若邊境人員抽樣有困難時，可令進口業者將該貨櫃內的所有品項全部取出放置倉庫，縮短抽樣時間；另針對保存期限短的生鮮農產品、水產品等等申請具結先行放行的產品，若3個月內沒完成查驗程序，業者再次申請時須繳納保證金。
食藥署日前預告修正「食品及相關產品輸入查驗辦法」，科長廖姿婷指，邊境查驗被抽中批次的產品，當貨櫃抵台時須開櫃採樣，但同一貨櫃內可能有上百種不同品項的產品，導致抽樣困難，為縮短時間，可令業者將貨櫃移至財政部的保稅倉庫，整櫃的產品全部取出，待抽樣完成後再裝櫃。
此外，她舉例，不少業者會進口生鮮有機農產品，經邊境查驗許可後，才可向農委會申請有機認證，由於農產品的保存期限短，因此業者會向邊境申請具結先行放行，先將未完成查驗程序的農產品移至冷凍或冷藏環境，實務上發現有業者的農產品一放就超過3個月，未積極配合完成查驗，此行為將被列入不良紀錄，未來再次申請具結先行放行時，業者須先繳納保證金才准申請。