台北市政府衛生局定期針對溫泉水質進行衛生稽查，截至今年9月底止，共計抽查271家次，溫泉水質抽驗共計440件次，計有48件次不合格，不合格率10.9%，不合格原因為總菌落數每1 mL含量超過500 CFU，或大腸桿菌群每100 mL超過6 CFU，違規業者皆依違反「台北市營業衛生管理自治條例」處新台幣2千元以上1萬元以下罰鍰。
衛生局疾病管制處陳少卿處長表示，今年度水質抽驗不合格率為10.9%，相較於103年同期1.4%、104年同期6.7%，比率略為上升，為了解溫泉業者管理水質與環境衛生問題，今年7月對業者進行問卷調查，共發出60份問卷（回收率66.7%），由業者自行檢視造成溫泉水質不合格的可能因素。
前3名分別為：「民眾不配合入池前先洗淨身體及卸妝」（佔25%）、「天候因素（例如戶外受下雨、鳥糞影響）」（佔20%）、「其他，包括工作流程需再改善、作業規範不明確等」（佔16.7%）。
而業者認為導致環境衛生不良的前3名因素分別為：「民眾衛生習慣不佳，亂丟垃圾、吐痰（檳榔汁）等」（佔46.5%）、「其他，包括客人不遵守規定、個人生活習慣不同及工作流程需再改善等」（佔34.9%）、「人力不足」（佔7%）。
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