據悉這次立法院的院會可能會包裹表決通過行政院組織再造的一些部會，包括成立「海洋委員會」，這並非學界及民間乃至馬總統競選政見中所希望的「海洋部」。如就目前行政院版本的海委會的組織架構，其下只有「海巡署」1個署，及包括「海洋資源處」在內的5個處。但因編制員額少，經費有限，員額也可能多由主導執法及非保育專長的海巡署的原有人力調撥過來，實難發揮功能。
目前的海洋事務分屬政府7個部會，各機關本位主義，事權不統一，公權力不足，管理不夠落實，以及民眾海洋保育觀念與守法精神落後的情況下，台灣的海洋生態及漁業資源仍在每況愈下。台灣的海洋不久即將變成「無魚之島」。調查顯示，特別是潮間帶的生物種類正以驚人的速度在迅速消失中。
在眾多破壞海洋生態因素中，過度捕撈應是目前最主要的原因，氣候變遷及海洋酸化乃是未來進行式。但政府為照顧漁民的生計及其短期的利益，或許也因爭取選票考量，而常無法制定更有效、更直接的管理和保育措施，更不易自己同時扮演黑臉和白臉角色。
如果未來漁業署納入「農業部」後，漁業署恐將更有理由把海洋保育的工作，如海洋保護區的管理，推給「海洋委員會」掌管。表面看來未必不好，但海洋委員會只有位階低、人力物力不足的「海洋資源處」負責，企盼海洋永續恐難有起色。
小編評：組織再造，點明了政府人力物力資源不足的窘境，雖然立意良善但成果慘烈，遠期看來是好的政策確，進期卻毫無實質影響力。